目的评价临床合理用药系统在抗菌药物管理中的应用效果。方法回顾性收集2022年1月至2024年12月玉林市第二人民医院140471例住院患者数据，按实施阶段分组：2022年患者为对照组，未应用临床合理用药系统；2023年与2024年患者作为观察组1和观察组2，分阶段启用临床合理用药系统。比较三组抗菌药物使用强度、使用率、病原学送检率等指标。结果与对照组相比，观察组抗菌药物使用强度、使用率及静脉输液占比均显著下降（P＜0.05）。病原学送检率从60.17%逐步提升至70.72%（观察组1）与78.50%（观察组2），药师会诊数由1372例增至2298例（P＜0.05）。特殊级抗菌药物送检率各组均高于95%，I类切口预防用药比例无显著变化。结论应用临床合理用药系统不仅能有效优化抗菌药物使用结构，还能加强病原学检测与药师干预，为促进合理用药提供了有效工具。